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Dopo essere stata completamente distrutta dalla violenta mareggiata del 1100, i lavori per ricostruire l'antica Metamauco non si fecero attendere ebbero infatti inizio quasi subito e diedero vita al centro abitato esattamente corrispondente all'attuale Malamocco.
Dopo la sua ricostruzione tuttavia Metamauco sebbene mantenne i privilegi in quanto città ducale nel passato perse via via di importanza e ben presto si trasformò sostanzialmente in un borgo periferico.
Nel periodo compreso fra il 1816 e il 1883 fu Comune del regno Lombardo Veneto prima e del Regno d'Italia poi, quindi venne definitivamente annessa al Comune di Venezia.
Negli ultimi decenni è stato avviato un importante lavoro di recupero dell'antico borgo con interventi tesi sia al recupero che alla conservazione del centro originario.
Un discorso a parte poi merita la complessità e l'importanza del lavoro effettuato in merito al difficile problema delle acque alte.
In particolare Malamocco per la sua posizione è sempre stata pericolosamente esposta in caso di alta marea ed è per questa ragione che nel quadro di un intervento molto ampio che interessa l'intera Laguna e che mira a proteggere l'intero territorio dall'avanziata delle acque, in questo luogo è stato effettuato un intervento di protezione del centro abitato con la realizzazione di una vera e propria cinta di palancole sotterraena che ha il compito di isolare il centro abitato dalle acque della laguna canalizzandone il flusso con l'ausilio di tre "minimose" ovvero di piccole paratorie mobili che vengono sollevate in caso di necessità.
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